学术战胜资本！诺奖级成果刚刚开源

AlphaFold3终于开源了！目前，Google DeepMind（下称DeepMind）已经上传了Github，所有人都能下载，但仅限用于非商业用途。值得注意的是，具有学术训练的科学家需要向谷歌申请，填写申请单后才能访问AlphaFold3的模型参数。开源地址：https://github.com/google-deepmind/alphafold3不开源，被抵制今年5月8日，Google DeepMind 和 Isomorphic Labs 发布了新一代AlphaFold3。这是一种革命性模型，用于预测蛋白质、DNA、RNA、小分子等的几乎所有生物分子结构和相互作用。与现有的预测方法相比，AlphaFold 3 预测蛋白质与其他分子类型的相互作用至少提高了 50%，部分相互作用类别，预测准确率甚至提高了一倍。而它的上一代模型，AlphaFold2的两位领导者上个月才获得诺贝尔化学奖。但今年5月AlphaFold3刚刚发布的时候，就因为不开源引起了学术界的不满。AlphaFold2论文登上Nature时，DeepMind宣布直接开源代码和权重。但轮到AlphaFold3，DeepMind只甩出一个网页AlphaFold server，用户可以每天使用10次（后增加到20次）。这使不少科学家直接开大招嘲讽：哪里有AlphaFold3？明明只有http://alphafoldserver.com ，它严格限制了科学和生物医学研究！甚至有人效仿当时的RosettaFold，准备开启AlphaFold3的开源计划，并称：“AlphaFold 有能力拯救数十亿人的生命，但由于贪婪和腐败，它已对所有人关闭。”更加引起众怒的是，AlphaFold3没法被科学家随意使用，但是DeepMind 的药物发现子公司 Isomorphic Labs 已经在使用该模型来实现药物研发，并且和制药公司合作，尝试开发新的疾病治疗方法。于是超600位科学家签署联名信，共同表达对AlphaFold3不开源的不满，声称AlphaFold3登录了顶级学术杂志却不提供代码，已经严重违反了科学精神。迫于压力下，DeepMind终于承诺将在6个月内完成开源，如今终于到了该兑现的时候了。将极大推动生物技术发展为什么此次AlphaFold3开源备受关注？因为AlphaFold2获得诺贝尔化学奖不止是表彰在其在蛋白质结构预测领域的贡献，还有对整个生命科学的推动作用。AlphaFold2开源后来自学术社区的广泛研究和拓展，极大促进了科学研究的发展，才会有“后AlphaFold时代”的说法。由于蛋白质是一切生命活动的承担者，AlphaFold2不止被用于结构生物学，还被广泛用于药物研发、生物传感器、生物育种、环境保护等方方面面。截至目前，当初公布AlphaFold2代码的论文被引量已经超2.8万次，可见学术界近年来从未停下对该模型的研究，也极大地拓展了它的能力边界。在蛋白质结构预测方面，AlphaFold2让各个学术和商业团体掀起了新一波“模型挑战赛”，都以打败AlphaFold2取得SOTA为荣，极大促进了该领域的发展。而作为结构预测的逆问题——蛋白质设计领域，很多优异的模型都是以AlphaFold或者RosettaFold为起点，用于高精度的蛋白质生成及发现，例如ProteinMPNN、ProGen、RF Diffusion、Chroma等。在商业市场，全球第一批AI+蛋白质企业登上历史舞台，包括Generate biomedicine、Arzada、Nablabio等。由于AlphaFold2本质是解决了静态蛋白质结构问题，即单体蛋白质的静态结构预测。但生物体是一个动态的系统，且包含物质之间的相互作用，而AlphaFold3开始进入动力学领域，能预测生物分子之间的相互作用。可以想象，AlphaFold3的开源版本也将在学术社区带来各种多样化的探索和提升。就此，诺贝尔奖得主、AlphaFold团队负责人 John Jumper兴奋地表示：“我们非常高兴人们用它来做什么。”—The End—

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